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Les défenseurs de l’environnement sont fiers de protéger toute la vie sur Terre, pas seulement les pandas et les tigres flashy. Ce champ se concentre sur les pupfish du désert obscurs, les insectes et les petites plantes herbacées humbles. Mais les défenseurs de l’environnement mettent rarement des bactéries dans des sacs fourre-tout, même si la plupart de la vie est microscopique. La Terre compte environ un billion d’espèces de bactéries, de champignons, d’archées et de protozoaires – des familles de vie regroupées sous l’en-tête général « microbes ». La mer est une soupe de microbes, la terre est un paradis invisible de la vie ; même l’air est vivant. Des centaines de millions de virus et des dizaines de millions de bactéries en suspension dans l’air se déposent chaque jour sur chaque mètre carré de la Terre. Nous vivons dans une « bruine microbienne britannique », m’a dit Kent Redford, un consultant en conservation dans le Maine qui occupait auparavant des postes de direction à la Wildlife Conservation Society.

Dire microbe parfois utilisé comme synonyme de germes, mais on comprend de plus en plus que la plupart des microbes ne sont pas des ennemis et qu’ils maintiennent tout sur la planète, y compris les humains, en vie. Les animaux sans le bon microbiome peuvent tomber malades et même mourir. Les plantes ont également besoin de partenaires microbiens pour prospérer. Les microbes sont la colle qui maintient les écosystèmes ensemble (parfois littéralement : le sol s’agglutine en particules en partie parce que mucus sécrétée par des microbes.)

Mais alors que les microbes sont partout, certaines communautés microbiennes pourraient être en danger. Dans le parc national de Yellowstone, certains visiteurs n’ont pas le droit d’entrer dans de nombreuses sources chaudes et geysers protéger communauté microbienne rare qui les habite. Écosystème microbien unique en lac antarctique sous-glaciaire qui ont été isolés pendant des millions d’années sont soigneusement échantillonnés en utilisant des méthodes qui sont les moins susceptibles de les contaminer avec des organismes d’au-delà de la glace.

Le mouvement de conservation, cependant, accorde peu d’attention aux microbes : en 2012, seulement 2 % des articles universitaires sur la conservation se concentraient sur ces organismes. « De nombreuses organisations de conservation ne sont en grande partie pas intéressées à étendre leur travail aux microbes », selon Redford, qui a récemment publié un application dans une revue Biologie de la conservation pour les défenseurs de l’environnement de considérer le monde microbien. Mais en ignorant les microbes, les défenseurs de l’environnement ignorent la plupart des vies, des lignées anciennes et fascinantes qui sont précieuses en elles-mêmes et essentielles à tout ce qui prospère sur Terre.

La conservation des microbes est différente de la conservation des loutres de mer. Une espèce ou sous-espèce microbienne n’est généralement pas au centre de l’attention. Les microbes sont en fait assez difficiles à éradiquer car les microbes sont très nombreux, se reproduisent rapidement, et peuvent échanger des gènes avec leurs voisins, ils s’adaptent bien aux changements environnementaux. Il y a beaucoup de « redondance fonctionnelle » dans le monde microbien. Si la pollution, le changement climatique ou les herbicides tuent un type de bactérie qui transfère les nutriments ou le carbone de manière importante, il existe souvent des centaines d’autres types de bactéries qui font la même chose.

Plutôt que de s’inquiéter qu’un changement de climat ou de méthodes agricoles conduirait une espèce de bactérie à l’extinction, Redford craignait que ces forces anéantissent ou modifient radicalement les microbes. communauté— avec des conséquences complexes et imprévisibles pour l’ensemble de l’écosystème. Par exemple, les œufs de truites sauvages sont recouverts d’un mélange complexe de bactéries pouvant appartenir à plus d’une dizaine de familles différentes. Lorsque le changement climatique réchauffe l’eau des rivières, il peut modifier radicalement les types de bactéries qui vivent dans les œufs ou modifier les types courants et les types rares. Et ces nouvelles communautés peuvent également être toxiques pour les œufs de truite eux-mêmes, mettant la truite en danger. « Que vous vouliez conserver les microbes pour eux-mêmes ou non, vous ne réussirez pas dans les choses que vous voulez faire » à moins que vous n’en teniez compte, m’a dit Redford.

La prise en compte des microbes peut aider des cibles de conservation plus traditionnelles, telles que les animaux en voie de disparition. Par exemple, Lots translocation ou réintroduction d’espèces effectuées au nom de la conservation échouer— et dans certains cas, cela peut être dû au fait que le contexte microbien n’est pas pris en compte. Études ont montré que les animaux en captivité ont souvent des microbiomes très différents de ceux des animaux sauvages de la même espèce. Redford m’a demandé d’imaginer prendre un zèbre du zoo de Paris et le relâcher dans le parc national du Serengeti, en Tanzanie. «Il a le microbiome du zoo de Paris de manger du foin français et des granulés de luzerne. Et soudain, on demande à son microbiome de digérer l’herbe du Serengeti. Il peut être malade ou ne pas absorber les nutriments dont il a besoin dans sa nourriture.

Les défenseurs de l’environnement n’ignorent pas nécessairement les microbes : certains s’efforcent de réintroduire l’esturgeon du Yangtsé, même en voie de disparition « qualifié » leurs poissons captifs suivant un régime plus sauvage et non transformé dans le but de faire passer leurs microbes intestinaux à une écologie plus naturelle – et ils ont observé de meilleurs taux de survie que les esturgeons non entraînés. Les plantes ont aussi des microbiomes, et la plupart dépendent d’autres champignons dans et sur leurs racines pour les aider à absorber les nutriments et l’eau. Les plantes transloquées sans champignon racinaire approprié abondent plus possible mort après avoir été planté. Des chercheurs travaillant sur la restauration des prairies dans l’Indiana ont découvert que l’introduction des bons champignons lors de la restauration augmentait la diversité végétale locale 70 pour cent.

Considérer les microbes comme un facteur de survie des plantes et des animaux devient de plus en plus courant, d’autant plus que les outils nécessaires pour détecter et séquencer les gènes microbiens deviennent plus abordables. Mais il y a eu peu d’efforts pour préserver les microbes eux-mêmes. C’est peut-être en partie parce que les défenseurs de l’environnement ont déjà beaucoup à faire. Les écologistes ont également du mal à travailler avec les microbes car ils ne rentrent pas parfaitement dans la boîte des espèces – et les espèces sont une unité centrale de la conservation. Nous mesurons généralement la « biodiversité » en comptant les espèces ; nous savons que nous avons échoué lorsqu’une espèce disparaît. L’outil politique central des États-Unis pour protéger le monde non humain s’appelle la loi sur les espèces en voie de disparition. Cependant, les bactéries, les protistes, les virus et autres créatures miniatures ne sont pas des espèces faciles à distinguer. Ils ont évolué rapidement, se sont facilement hybridés et ont même partagé des gènes avec d’autres lignées.

« Ils étaient tous occupés à utiliser le transfert horizontal de gènes pour transférer des éléments génétiques les uns aux autres avec beaucoup de plaisir », a déclaré Redford. Et parfois ils vivent en groupes de races dites mixtes biofilm, physiquement liés, communiquent entre eux et fonctionnent presque comme un seul organisme. Vous connaissez probablement les biofilms si vous les avez déjà fouillés plaque sur vos dents. Les défenseurs de l’environnement luttent uniquement pour intégrer ce chaos de vie mousseux et dynamique dans leur cadre familier. Ils ne peuvent pas compter ou répertorier les espèces microbiennes menacées.

J’ai demandé à Redford d’imaginer un monde où ses demandes seraient satisfaites et où les microbes seraient pleinement intégrés aux travaux de conservation et de restauration. Qu’en est-il pour quelqu’un qui gère un ruisseau à truites ? Tout d’abord, dit-il, un défenseur de l’environnement pourra utiliser un détecteur d’ADN environnemental portatif pour obtenir une image globale des communautés microbiennes dans l’eau, dans les intestins et les branchies de la truite, à la surface des plantes aquatiques et dans d’autres endroits spécifiques. . niche. Pour tirer le meilleur parti de ces informations, il devait développer une compréhension beaucoup plus sophistiquée de la façon dont le monde microbien invisible influence ce que nous pouvons voir : les saules ombragés, les demoiselles planeuses et les truites tournoyantes. Peut-être que ses données peuvent également aider à découvrir des types rares de bactéries dans les rivières qu’il veut protéger, et il peut apprendre que les rivières ont besoin d’eau froide pour prospérer. Un jour, nous pourrions planter des saules pour ombrager les rivières afin de garder les bactéries au frais.

La conservation en général s’éloigne du simple retour des choses « comme avant » et aide les écosystèmes dynamiques à s’adapter aux conditions changeantes. Travailler avec des microbes correspond au nouveau modèle car on se soucie moins de les empêcher de changer et d’évoluer. C’est impossible de toute façon; ils sont trop rapides. Mais cette adhésion à l’adaptation ouvre également la porte à la possibilité d’influencer les trajectoires des communautés microbiennes – ou même d’introduire des microbes modifiés dans les écosystèmes. Les usines de traitement des eaux usées ont utilisé diverses communautés de bactéries, d’archées et de protozoaires pour nettoyer l’eau – et même pour nettoyer l’eau transformer les déchets en bioplastiques. Pendant ce temps, des recherches récentes ont identifié des bactéries qui peuvent réellement détruit complètement le plastique– détruit pour de bon – et transformé en dioxyde de carbone. Apprendre à gérer les écosystèmes afin que les bactéries mangeuses de plastique puissent se multiplier est une future stratégie de conservation.

Les objectifs de conservation sont toujours égoïstes et altruistes. Nous voulons sauver les espèces et protéger les écosystèmes parce qu’ils nous maintiennent en vie et heureux, mais nous voulons aussi protéger le monde non humain pour lui-même. Les deux objectifs s’appliquent potentiellement à la conservation microbienne également. Les bactéries, les archées et les champignons microscopiques peuvent améliorer nos vies. Mais Redford pense également qu’ils sont précieux en eux-mêmes, que ni la taille ni l’appartenance au règne animal ne déterminent en fin de compte la valeur morale. Les microbes sont des formes uniques qui ont évolué au cours de millions d’années, tout comme les baleines ou les pandas.

L’idée que nous passons chaque instant de notre vie à nous déplacer dans un univers de millions d’individus et de collectifs avec des valeurs morales inhérentes suffit à donner un vertige éthique. Il est déjà assez difficile de déterminer comment bien faire les choses avec les plantes et les animaux qui partagent la Terre avec nous. Que devons-nous, le cas échéant, aux moisissures et aux bactéries qui composent nos vies de manière invisible ?